Su fundación se fecha en 1563. A pesar de ello, y a juzgar por los restos materiales del edificio, se cree que fue en el s. XVIII cuando se realizaron las obras de ampliación, reforma y ornamentación del mismo.
La comunidad consiguió eludir la Desamortización del Trienio Liberal. Sin embargo, no pudo sobrevivir a la Desamortización eclesiástica de 1835-1836, viéndose obligada a su disolución y siendo incautados todos sus bienes por el Estado, incluido el edificio a excepción de la iglesia. La iglesia está en funcionamiento hasta finales del s. XIX, cuando fue clausurada debido al hundimiento de su bóveda. La situación de abandono debido a su cierre la condujo a una situación de práctica ruina.
El resto del convento, cedido en propiedad al Ayuntamiento, tuvo varios usos (cuartel, escuelas, ayuntamiento) hasta los años sesenta del siglo XX, momento en el que se abandona y comienza un proceso de destrucción y saqueo. Es en 1995 cuando se inicia un ambicioso proceso de restauración bajo la dirección del arquitecto Vicente López Bernal, que ha permitido su reutilización como un atractivo centro cultural en el que se ubican el Espacio para la Creación Joven y la Biblioteca Municipal, así como el MACF (Museo de Arte Contemporáneo de Fregenal), en el que están expuestas las obras premiadas en el Premio Internacional de Pintura Eugenio Hermoso.
