Tras el estratégico triunfo logrado por los cristianos en el año 939, en la batalla de Simancas, el conde Fernán González decidió establecer una serie de alianzas con otros nobles castellanos para poder hacer frente a un eventual ataque musulmán. Al mismo tiempo, comenzó a construir una red de fortificaciones ubicadas en lugares estratégicos, con el fin de poder contener tanto a los invasores del sur como a sus posibles rivales cristianos.

Entre esas fortificaciones se encuentra este Torreón de Covarrubias. La elección de esta localidad responde a dos fines diferentes.

Por un lado, resultaba necesario proteger el estratégico vado del río Arlanza frente a las razias de condes vecinos, así como las lanzadas por los musulmanes que pudieran llegar al corazón del alfoz de Lara desde el Sur.

Por otro lado, la construcción de esta fortificación respondía a unos fines repobladores, ya que resultaba fundamental consolidar la ocupación de esta región fronteriza por medio de la atracción de nuevos habitantes, disponiendo así de una masa demográfica suficiente como para poblar las nuevas tierras y aprovechar sus conocimientos culturales y técnicos, y así desarrollar los nuevos territorios castellanos, gran parte de estos pobladores son los denominados Mozárabes (población cristiana, de origen hispano-visigodo, que vivía en el territorio de Al-Ándalus y que emigraban a los reinos del Norte)

A la hora de levantar este Torreón, el conde de Castilla eligió para su emplazamiento una construcción militar previa, probablemente de origen romano, que se ubicaba en la confluencia de las dos entradas naturales a esta villa, lo que hacía de ella el punto más adecuado para defender el paso del río Arlanza en dirección Norte.